新三板个人股份变更涉税规则公布后，先前原始股份流转环节是否须补缴税款，再次引发讨论。
十二月份七日，财政部门、税务部门以及证券监督管理机构三个机构一同公布了《关于个人向全国中小企业股份转让系统挂牌企业转让股票相关个人所得税政策的通告》（文件编号财税〔2018〕137号，后文简称137号文件），对于长期以来让新三板的个人股票转让税务事项感到困惑的情况作出了明确说明。
依据137号文件规定，个人出售新三板上市公司非初始股份所获收益，可以免交个人所得税。
非首次发行的股份，包含个人在挂牌企业公开交易后获得的证券，以及由该证券衍生出的配发、派发的新证券。安信证券负责研究新三板市场的诸海滨指出，相关文件的颁布有助于规范税收征管，消除市场争议。此外，将新三板的市场属性从股权交易场所提升为上市公司证券交易场所，进一步确立了其市场角色。然而，前一个问题虽然解决，新的挑战又随之出现。
137号文件规定，免除新三板非原始股份的所得税，同时将市场个人股权区分为原始股份和非原始股份两种类型。对于个人转让新三板公司原始股份所获收益，按照“财产转让收益”项目，以20%的比例税率征收个人所得税。
这个情况又引发了新三板缴税方面的讨论。137号文件明确指出：针对2019年9月1日之前个人卖出新三板公司原始股的个人所得税，其征收管理方式遵循当前股权转让收益的相关政策，确定股票购买方为代扣代缴责任人，并且由投资企业所在地的税务机构负责执行管理。
从2019年9月1日算起，个人售卖在新三板上市企业初始股份时所需缴纳的个人所得税，应由负责管理该股票的证券公司代为扣缴，并且这项税收由证券公司所在地的税务部门负责处理。
北京南北天地科技股份有限公司(430066)的董秘崔彦军向界面新闻透露，股票受让方是代扣代缴的义务主体，但是，代扣代缴的义务主体仅获得股票，难以向卖方代扣税款，尤其是，很多人不清楚交易对手是谁，可能无法联系到卖方，因此，实际操作起来存在困难。
到了2019年9月1日那天，新三板市场的交易活跃度肯定会受到更严格的控制，毕竟没有人愿意购买股票，即便买了也必须去寻找卖家来支付税款，否则就等于没有履行代扣代缴的职责，崔彦军这样表示。
“这同样是我对最新规定感到困惑的方面”，北京一位新三板参与者指出，现阶段原始股份的流转包含二级市场公开竞拍、收盘后大宗交易以及非交易过户三种方式，其中非交易过户的限定条件过于繁复，难以广泛适用，而通过二级市场公开竞拍进行原始股份交易时，“难以确认成交对象是否为原始持有人，或许不知不觉间就承担了税费”。
好在明年9月1日之后，能够委托证券公司代为执行税务划扣。
二级市场很难分辨是初始股份还是非初始股份,但这项制度整体影响不会很显著,通常初始股份的交易量会比较大,主要在收盘后大宗交易进行,可以锁定交易相对方,联讯证券研究院新三板首席分析师彭海这样认为。
彭海说明，之所以设立9月1日的过渡阶段，是因为个人所得税法第八条明确，个人所得税的纳税责任方为取得收入者，而支付收入者则承担代扣代缴责任。针对股权转让业务，这意味着受让方需履行代扣代缴义务，新规定延续了这一做法。因为9月1日是财政部门预先确定的一个节点，许多新税务政策的实施都从这个日期起算，缴纳税款的机制促成了这一时间点的最终确立。
另一个有争议的问题是，这次关于原始股转让20%个税的规定，是否要往回追溯，是否需要让过去的原始股交易补交税款和罚金。
昨天的国务院常务会议讨论的关于创业投资税收的议题明确指出，政策不适用于过往情况，但137号文件里找不到相应的条款。
后续税款将委托证券公司代为收取，过去的买卖记录系统均有明确记载，不过本人不清楚持有的股份是否为初始发行股票。或许曾通过二级市场竞购原始股份却未察觉，届时不仅需补交欠款罚金，更会面临逃税漏税的指控，这位新三板参与者表示十分不解。
关于此事，界面新闻记者联系了北京税务部门，他们说明，在出售原始股份时同样需要缴纳个人所得税收，若先前未办理申报手续，则必须补缴逾期罚金。
税务部门工作人员透露，依照2014年颁布的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》条款：个人售卖股份，需将售出金额扣除原始成本及合规支出后的差额，作为应缴税基，按照“资产处置收益”项目征收个人税。
对于这个情况，投资方提出了不同看法，表示《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》中同样有这样的说明：个人在上海证券交易所、深圳证券交易所出售从上市公司公开发行和转让市场获得的上市公司股票，转让有限期上市的股份，以及其他有特殊规定的股权交易，不在此办法的管理范围之内。
新三板可以参照A股市场规则执行，新规也应清晰界定以往缴税责任不明确的情况，这位投资人指出。
