对冲基金的法律结构，及其注册地，还有法人实体的类型，一般由基金目标投资者的税收环境所决定，监管方面的因素也会产生影响，许多对冲基金在离岸金融中心设立，如此在投资组合升值时，基金无需缴税，税收由投资者承担，投资管理公司的总部通常处在大型金融中心，按照其收到的基金管理费来缴税。
据估计，在2011年，有一半的对冲基金是离岸注册的，另一半是在岸注册的。在开曼群岛注册的对冲基金数量在全球排名第一，占比34%，接下来是美国占24%，卢森堡占10%，爱尔兰占7%，英属维尔京群岛占6%，百慕大占3%。
投资管理公司的位置
与基金自身不一样，投资管理公司很多处于岸内，目的在于吸引众多金融人才以及靠近投资者。对冲基金所获取的投资，一大部分源自以纽约市和康涅狄格州黄金海岸区为主的美国东海岸，此地也是对冲基金管理公司数量最多的地方。据估算，在2004年，美国存在7000家投资管理公司。
伦敦是欧洲对冲基金管理公司最为集中的地方，在2011年末的时候，伦敦有着全欧对冲基金70%的投资额，这投资额折合起来是3950亿美元。亚洲特别是中国，是全球对冲基金行业越来越重要的资金来源地。亚洲对冲基金资产集中在英国和美国，英国和美国大概各占四分之一。
法人实体
以在美国纳税的投资人为目标的对冲基金，主要采用有限合伙人制，投资人在美国能享受相对比较优惠的税收待遇，在有限合伙人制里面，投资管理公司（虽然有时是离岸的法人）通常是普通合伙人，投资者是有限合伙人，美国以外的投资者和在美国不用纳税的投资者，像州、公司、私人养老基金和工会养老基金等，一般投资离岸的公司制基金，这样能减免部分税收，有时候，对冲基金为吸引日本投资者，会采用单位信托基金的形式。除了税负不同，这种形式并不影响基金的本质。
投资管理公司承担组织设立对冲基金的工作，其还能够凭借在有限合伙制基金里担任普通合伙人，或者于公司制基金之中持有原始份额的方式，来留存自身权益。原始份额通常没有经济方面的权利，投票权仅局限于某些事务，像挑选投资经理这类事务才行。基金的战略决策由独立的董事会予以制定，而董事会一般会接纳投资经理给出的意见。
开放式的本质
投资开放式的对冲基金，当你每隔一段时间，是能够进行申购或者赎回操作的。公司制基金的发行价与赎回价全部是单位净值，所以，倘若基金所投资的资产出现增值情况，单位净值便会增加，投资者赎回时所获得的金额会高于当初购买时所花费的费用。与之相似，有限合伙人制基金的投资者会依据其认购金额来对一部分盈亏情况负责，如此一来，投资者的赎回金额同其出资额相比就有可能会出现差异。
投资者相互之间通常不进行份额或者有限合伙人权益的买卖，对冲基金一般在投资者赎回之前也不会进行分红。然而封闭式基金不一样，它要么能够交易一小部分份额，要么会实施分红，要么会在有限的存续期结束之时将资金归还给投资者。大部分对冲基金准许投资者每月或者每季度赎回一回，也存在每年或者每两年才能够赎回一回的情况 。
分离账户
要是对冲基金所持有资产难以可靠估值，或者相对流动性欠佳然而基金自身赎回较容易，那么基金有可能去设立“分离账户”，将流动性差的资产同主资产组合分开，单独归入“分离账户”，且授予投资者相关权益，可是这些权益或者份额并非能随时赎回，唯有基金卖出“分离账户”里的资产之后，投资者才能够将其赎回并获取预期年化收益。
设置分离账户，是为解决投资者赎回所持份额时需估值的问题，若投资者赎回时，有的资产无法估值或卖出，基金便无法确定其赎回款项计算是否正确，更重要的是，有可能只有卖掉基金流动资产才能支付投资者赎回款，若该投资者赎回后，非流动资产价值未达预期水平，那么全部损失将由其他投资者承担，而该投资者不承担任何损失 。分离账户出现后，基金得以确保，相关资产流动性恶化时，所有投资者需承担同样损失，与此同时，主资产组合可继续接受申购与赎回，反之，这一阶段的申购也存在同样问题。
一般来说分离账户是用作紧急措施的，在2008年9月的时候，雷曼兄弟破产了，之后对冲基金纷纷去设立分离账户，目的是凭借这个去避免因为市场崩盘从而致使基金没办法按照市值把资产卖出去 。
有几种特殊的基金，在日常经营当中，是有可能会去使用分离账户的，比如说，那种投资保险产品的基金，在自然灾害发生过后，它是有可能会把相关的证券划入分离账户的，一旦评估出了赔偿金额，这些证券就能够再相对精确地去估值 。
上市基金
公司制基金偶尔会于小型证券交易所实施上市行为，就像爱尔兰证券交易所这般，如此一来投资者的监管要求相对就要低一些。但这些上市的对冲基金份额通常不在交易所进行交易。
基金上市，与投资管理公司上市，或者首次公开募集，也就是IPO，是不一样的。尽管媒体将其报道成“对冲基金IPO”，然而Fortress投资集团的IPO，实际上是投资管理公司上市，并非是其管理的对冲基金上市。
